سلسلة رسائل الماجستير: تهدف هذه السلسلة إلى التعريف بنتائج عدد من الرسائل التي قُدِّمت في الجامعات الفلسطينية لنيل درجة الماجستير، وإلى تشجيع نشر الرسائل، وتتناول موضوعات تُعنَى بها مواطن؛ المؤسسة الفلسطينية لدراسة الديمقراطية، وبخاصة تلك الرسائل التي حصلت على منح في المسابقات السنوية التي أطلقتها المؤسسة منذ العام 1996، والتي هي جزء من برنامجها.

سلسلة دراسات وابحاث: دراسات معمقة للقضايا التي نشأت عن العملية الديمقراطية على المستوى النظري، بالاضافة الى دراسة حالات معينة. وقد تم نشر 34 كتاب من هذه السلسلة حتى الآن.

سلسلة اوراق بحثية: اوراق بحث قصيرة تهتم بشكل اساسي في تحليل القضايا العملية. وقد تم نشر 10 كتب منها حتى الآن.

سلسلة مداخلات واوراق نقدية: تركز بشكل جزئي على سلسلة الندوات المتواصلة التي تعقد في المؤسسة. وهدفها هو المباشرة في النقاش وتشجيعه حول القضايا الحساسة التي تواجه التحول الديمقراطي في المحيط العربي والفلسطيني. نشر منها 26 كتب حتى الآن.

سلسلة التجربة الفلسطينية: تسعى سلسلة "التجربة الفلسطينية" وهي السلسلة السادسة والجديدة من منشورات مواطن، الى تعريف القارئ بنواحي محددة ومتنوعة من التجربة الفلسطينية، وفي الشتات على وجه الخصوص. ان نقل هذه التجربة او جوانب مختارة منها على الاقل، يكتسب اهمية كبيرة خاصة  ان تعدى هذا النقل  البحث الجاف ليرسم صورة حية للواقع الفلسطيني المعاش سواء كان ذلك في تجربة المقاومة في الأردن أو في تجربة الحياة في مخيم اليرموك في سوريا او في مخيمات لبنان، او تجربة الحرب الاهلية في لبنان و"حرب المخيمات"، او تجربة تأسيس منظمة التحرير الفلسطينية في خضم الصراعات العربية والمساعي المتعددة للاستحواذ على القرار الفلسطيني. خاصة ان اغلبية عظمى من السكان في فلسطين بما في ذلك فلسطينيو "الداخل"، لم يمروا بتجربة الشتات ولم يعاينوها وجدانيا بأبعادها المتنوعة سواء كانت سياسية او اجتماعية او نفسية.

سلسلة ركائز الديمقراطية: موجهة الى طلاب الجامعات والجمهور العالم، وتركز على تزويد معالجة موسعة لكل من المفاهيم الديمقراطية والمكونات الاساسية للانظمة الديمقراطية. وقم تم نشر سبعة كتب حتى الآن من هذه السلسة.

سلسلة مبادئ الديمقراطية: موجهة الى السنتين الاخيرتين من مرحلة الدراسة الثانوية بالاضافة الى الجمهور العام. وتهدف هذه السلسلة الى تقديم مبادئ اساسية حول الديمقراطية بشكل واضح ومنظم، وصولا الى فهم لهذه المبادئ كدور القانون، فصل السلطات، المواطنة... الخ. وهذه السلسة مرتبطة بسلسلة ورشات العمل التي يشارك فيها اساتذة من السلك التربوي يقدمون بدورهم هذه الكتيبات الى المدارس. وقد تم الانتهاء من هذه السلسة بنشر 12 كتيب.

سلسلة تقارير دورية: تتكون من أوراق موجهة إلى صناع القرار لتقديم  تقييمات نقدية حول قضايا محددة بالإضافة إلى نصائح موضوعية للإصلاح. بعض من هذه القضايا المغطاة في هذه السلسلة تتضمن قانون الانتخاب في فلسطين، التشريعات الصادرة عن رئيس السلطة الوطنية، دور الوزارات خلال الانتفاضة، وتقييم لأول أربع سنوات على إنشاء المجلس التشريعي.